TFF 1. Lig'de 2016-2017 sezonunu ikinci sırada tamamlayarak tarihide ilk kez Süper Lig'de yükselen sarı-siyahlı ekip, üçüncü sezonunda küme düşme üzüntüsü yaşadı.
Ligin ilk yarısında başarılı bir grafik çizen BtcTurk Yeni Malatyaspor, sezonun ikinci yarısında ise kötü performans gösterdi.
Sezonun ikinci yarısında teknik direktör Kemal Özdeş ile çalışan ancak istediğini bulamayan sarı-siyahlılar, son olarak deneyimli teknik adam Hikmet Karaman ile çalıştı. Malatya ekibi Karaman idaresinde çıktığı maçlardan da istediği sonuca ulaşamadı.